Oltre alla monumentale Storia economica e sociale di Bergamo, la cui realizzazione è all'origine della Fondazione, la FSE edita la collana I Protagonisti, che secondo un doppio binario accoglie sia monografie su personaggi importanti della storia bergamasca sia studi di storia d'impresa; la collana Studi di storia dell'economia, della società e delle istituzioni, destinata a raccogliere analisi di profilo più allargato; e la collana specialistica di Studi di storia della sanità.